全基因组数据组装用主要用何种技术实现？？

他的组装原理又有何区优艾设计网_PS百科别呢？

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一觉醒来回大唐 2021-11-22 06:20

GCG可以的，还有Linux 下的TIGR Assembler和Phrap都可以进行全基因组数据的组装。
　　新一代测序技术的出现为生命科学重大问题研究提供新的手段的同时，其海量数据及其长度短、精度相对较低等特点，为生物信息学设置了前所未有的时代挑战。海量reads数据的处理能力远远落后于测序数据的爆炸性增长速度，测试数据的快速、准确分析已经成为生命科学研究的短板新一代测序技术的出现为生命科学重大问题研究提供新的手段的同时，其海量数据及其长度短、精度相对较低等特点，为生物信息学设置了前所未有的时代挑战。海量reads数据的处理能力远远落后于测序数据的爆炸性增长速度，测试数据的快速、准确分析已经成为生命科学研究的短板新一代测序技术的出现为生命科学重大问题研究提供新的手段的同时，其海量数据及其长度短、精度相对较低等特点，为生物信息学设置了前所未有的时代挑战。海量reads数据的处理能力远远落后于测序数据的爆炸性增长速度，测试数据的快速、准确分析已经成为生命科学研究的短板基因组学最困难问题之一是如何由短的DNA片段组装成完整的基因组。1月10日发表在美国《国家科学院院刊》(Proceedings of the National Academy of S优艾设计网_Photoshop百科ciences)上的一项研究中，由多个学科的研究人员组成的研究小组解决了这个问题，他们建立的算法能在没有基因组是如何组织这一先决信息的条件下迅速预测其基因组组成。
　　二代测试(Next generation sequencing，NGS)技术已发展了15年，其创造了数以千计的NGS小片段，在物种基因组已被广泛研究的条件下，现有的信息可用于组装这些小片段，就像是用一个完整的画面作为拼图游戏的指导。但是对于那些较少研究的物种，用小片段组装基因组会变得非常困难。该研究小组用已知的一个或多个物种的基因组，结合待测物种的NGS片段进行组装，预测其基因组序列。这是首次不需要基因组遗传图谱或物理图谱的帮助下利用NGS数据组装整个染色体基因组。该算法对大规模测序项目非常有用，如对1万种脊椎动物基因组测序的G10K项目，其测序对象大多没有遗传图谱。
　　这种算法称为参考基因组辅助染色体装配(Reference-assisted chromosome assembly，RACA)，其相应的软件用模拟数据，规范的参考基因组数据和由华大基因(BGI)新测序的藏羚羊基因组进行评估，证实基因组的预测是非常准确的。当NGS技术产生更长的DNA片段时，RACA算法会表现得更好。
　　最新一代的测序仪的全基因组组装也是一个难题，尤其是复杂的基因组，RACA预测算法可解决这一难题，并可被纳入当前NGS序列组装分析的流程中。

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m4659631 2021-11-22 06:21

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有一种算法称为参考基因组辅助染色体装配（Reference-assisted chromosome assembly，RACA），其相应的软件用模拟数据，规范的参考基因组数据和由华大基因（BGI）新测序的藏羚羊基因组进行评估，证实基因组的预测是非常准确的。当NGS技术产生更长的DNA片段时，RACA算法会表现得更好。
具体的原理不是很懂，等高人来答。。。

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