差异基因的筛选是如何实现的？？

差异基因的表达，是物种的生理生化活动出现差异的根本原因之一，那差异基因是如何筛优艾设计网_PS交流选的呢？

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李峰 优艾设计网_Photoshop论坛 2021-11-13 22:29

针对微阵列数据筛选差异表达基因问题,国内外学者提出了多种方法,如:适用于不同研究设计和资料类型基因表达谱数据筛选差异表达基因的SAM ( significanceanalysis of microarrays)方法、两样本t检验、Bonferroni校正法、BH 方法等。
方法比较
Bonferroni校正法、Sidak 校正法和Hochberg 法可将FWER、FDR控制在很低的水平,但是筛选出的差异表达基因数比较少,不适用基因表达谱筛选差异表达基因的数据分析。相同样本量和方差条件下, 成组t检验方法筛选的差异表达基因数最多,但是不能有效地控制FW ER、FDR 水平, 筛选出的差异表达基因假阳性数过多。通过模拟实验发现, SAM 方法和BH 法筛选差异表达基因数、假阳性数、FWER 和FDR 均相差不大,均筛选出较多的差异表达基因,且控制了多重检验错误率。相同样本量和方差条件下, SAM 方法筛选出的差异表达基因数、约登指数略高于BH法,假阳性数略低于BH法。因此, SAM 方法适用于基因表达谱数据筛选差异表达基因的数据分析。
小样本基因筛选：
在小样本和方差较大情况下,SAM 方法的诊断水平一般,约登指数较小。
当样本重负数量少于5个样本时使用正态分布T检验、F检验和方差分析将大大增加差异基因筛选的假阳性率和假阴性率。
（TwoclassDif,MultiClassDif,TwoFactorRVM）基于小样本数据的随即方差模型（RVM，2003发表于Bioinformatics）校正的T检验、F检验和方差分析方法，可准确地筛选出显著性差异基因或者microRNA，筛选结果经扩大样本检测后仍为差异表达。小样本差异表达基因筛选适用于每组样本3-5次随机重复的高通量监测数据。

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overo0o 2021-11-13 22:38

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筛选差异基因是指用统计学的方法对高通量的基因数据进行筛选，挑出样本间有显著性差异的基因。
微阵列技术和测序技术可同时获得大量基因的数据,已广泛应用于生物医学研究。基因表达谱数据具有高维和样本量小的特点,如何挖掘其中所蕴含的海量基因信息,深层次研究基因功能,已成为微阵列技术发展和应用的瓶颈。目前,基因表达谱数据分析方法的研究已成为生物与医学统计学研究领域的重要任务和热点问题。基因表达谱数据筛选差异表达基因的关键是控制多重检验错误率(假阳性率) ,同时要保证较高的筛选效率。针对微阵列数据筛选差异表达基因问题,国内外学者提出了多种方法,如:适用于不同研究设计和资料类型基因表达谱数据筛选差异表达基因的SAM ( significanceanalysis of microarrays)方法、两样本t检验、Bonferroni校正法、BH 方法等。

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BWksLJOL 2021-11-13 22:47

简单的说，可以通过寻找蛋白差异，将该蛋白进行鉴定，那反向推测是哪个基因。即使没有人报道过的一个新蛋白，直接测序，然后反向推测出RNA序列，直接blast好了。当然比对蛋白的工具同样也很多。如果都能知道是哪个基因引起的了，那要定位就非常容易了。有些情况是不知道这种疾病是由什么基因，什么蛋白差异引起的。如果是遗传性的，那这时候就要做基因定位了，至于方法又非常多，简单列举一下有系谱分析法、非整倍体测交法、四分体分析法、连锁群法、利用染色体易位的基因定位、基因在染色体上的位置的测定、根据重组频率的基因定位、根据所测基因在某一已知染色体区段中是否存在的基因定位、根据并发事件的基因定位、根据基因行为的定位测定绝对位置的基因定位、基因精细结构分析、　重组频率定位法、缺失定位法、共转导定位法、体细胞重组定位法、基因转变的梯度定位法 。如果想通用一点的做法，可以做全基因组测序（部分测序，或重测序），或者CGH基因芯片，都可以检测染色体上的差异，包括各种缺失，插入，重复，翻转，等等。再进一步去筛选即可。

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