有谁了解无创性产前分子核型分析血浆DNA测序以及序列比对和筛选过程？？

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韦华 2021-09-21 08:11

血浆DNA测序：

准备血浆DNA测序文库的配对末端测序样品制备试剂盒（Illumina公司）。变量可用母体血浆量，我以确保有一个相对一致的文库制备血浆DNA输入量。因此，可以用13至20毫微克的提取血浆DNA文库制备，相当于从1.5到2.2毫升母体血浆提取。适配器结扎血浆DNA富集了12个循环的PCR。执行集群生成一CBOT克优艾设计网_PS论坛隆扩增系统（Illumina公司）与PETruSeq集群生成工具包V3（Illumina公司）。每个库（测试和参考样本）进行测序的一条车道上的HiSeq2000测序系统（Illumina公司）在配对末端50个基点×2格式的流通池。序列数据已经存放在欧洲基因组Phenome的存档（EGA），主办欧洲生物信息研究所（EBI）下，加入EGAS00001000439中。

序列比对和筛选：

配对末端读取掩盖人类参考基因组（NCBI生成36.1/hg18）使用短寡核苷酸对准计划2（SOAP2）允许每个成员的配对末端读取两个核苷酸错配。只有配对末端读取以正确的方向对齐到同一染色体的两端，跨越刀片尺寸≤600bp的下游分析。去掉重复的读取被定义为配对末端读取人类基因组中相同的起始和结束位置。

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