云计算能为生物信息做什么？？

现有的阿里云、优艾设计网_PS百科亚马逊AWS云计算基础设施需要做哪些改进，为什么？
目前你用的最多的云产品和Web Service API是哪些？

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飘in北京 2021-06-26 01:56

生信数据处理的特点是，第一阶段，在预处理阶段，比如测序数据比对至基因组序列时，需要较大的内存容量（以人为例，需要100～200G内存），目前的云计算服务，几乎都没有提供100G内存以上的套餐。第二阶段，在预处理以后（reads数已经转变为表达值、peak区间之类了），绝大部分优艾设计网_电脑技术的分析需要的算力很小，目前绝大部分云平台提供的服务都满足条件，甚至个人笔记本都可以搞定。
所以，目前比较尴尬，对硬件有门槛，需要云平台解决的步骤，国内没有适合的云服务套餐。这部分目前做的比较好，甚至已有垄断趋势的，是illumina自身的BaseSpace云平台（硬件绑定啊，window绑ie牛不牛），但BaseSpace国内普及度不高。而后续的分析部分，则又对云没太大刚性需求，比较鸡肋。
如果研究的方向是细菌或真菌的群落结构，测序的是某个biomarker，比如真菌的ITS，一台笔记本完全可以解决所有的问题。因为不需要组装基因组，所以不需要大量的计算力。
之前OTU clustering可能需要用到大型计算机，现在算法改进了，也不需要了。
目前需要的云计算的主要功能就是存储了吧，测序中心把数据存在学校的超算上，我们登录了去取回来。不过因为数据比较大（~10G），我还是习惯在服务器上做数据过滤（quality control）。但是所有的事情个人电脑目前都可以完成。

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