Pacbio三代测序平台在测序工作中关于可变剪切的问题如何解决呢??
Pacbio,优艾设计网_平面设计三代测序,测序完成后拼接
霸气御姐←_← 2021-06-12 04:46
如果把拼接工作看作是在做拼图游戏。NGS获得的读长都很短,优艾设计网_设计圈就好象把一幅图打成非常小的碎片,然后做拼图。由于碎片太小,因此许多碎片看起来都差不多,这样要拼出一副完整的图难度很大。PacBio RS目前可以获得1300bp的平均读长,明年初随着试剂升级,平均读长可提升至2500-3000bp,这就相当于同样的一幅图,用大的碎片来做拼图,由于大碎片比小碎片的识别度要高,因此完成拼图的难度就可以大幅降低。
同NGS通常100-150bp的读长相比,PacBio RS的平均读长提高了近20倍。试想一下,同样大小的一幅拼图,10,000片的还是500片的更好拼?
另外,随着读长的增加,拼接过程中所需要测序覆盖深度也会随之下降。生物通 www.ebiotrade.com
对变异检测来说,我们首先需要的是准确定位,如果无法准确定位,那无论原始或者一致性准确度有多高都是没有意义的。而长读长可以帮助研究者进行更准确的定位。
精彩评论