第四代测序有望全面代替边合成边测序吗？？

第优艾设计网_设计百科四代测序(纳米孔测序)有望全面代替边合成边测序吗？

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118****678 2021-06-03 13:30

个人觉得不会。
目前纳米孔究竟算三代还是四代，说法尚不统一。下面对此不加以区分，统一称为三代。
二代测序如此成熟的今天，一代测序也没有消失。你要是构个载体，直接18块钱做Sanger测序，24小时拿到结果，何必做二代测序烧钱？
同样，如果三代测序成熟了，只会造成测序市场的进一步细分，而不是完全取代二代测序的地位。
至于市场将会如何细分，因为三代毕竟尚未成熟，所以只能猜测。二代测序的代表Illumina的芯片就是一块平整的流动单元（flow-cell），只要芯片保持足够平整，提高通量很容易（HiSeq X10的通量已经令人恐怖了）。纳米孔测序对制作工艺的高要求，很难保证每个纳米孔高度一致，因此其通量可能很难提高；而即使纳米孔的工艺改进，使得通量达到数十G的级别，二代也会进一步改进，通量估计继续甩三代两个数量级问题不大。因此对某些需要极高通量的测序项目，二代测序会继续保持优势。
未来几年可能发生情况的推测：
二代测序的通量会进一步稳定提高，读长也会相应增加但不非常显著。三代测序的准确度提高到可以接受的水平（起码得到95%）。
在1的假设下，二代测序可能继续保持优势的领域可能是全民级别的基因组、某些重要组织的转录组的测序。如果基因组测序会进一步普及和平民化，则二代测序由于通量大，因而成本低，更容易被市场接受。测序的准确度可以由通量来保证。而基因组上的低复杂度区域（重复序列），可以选择不关心，因为那里存在重要SNP的概率比较低。
在1的假设下，三代首先会夺去的市场可能是单细胞测序，和医疗、司法、海关等不要求极高通量的生物检测应用。目前用二代测序做单细胞测序，无论是测优艾设计网_在线设计基因组还是转录组，都需要先扩增再测，而扩增不可避免地会引入偏差和错误。而三代测序则先天性可以避免扩增，直接测单细胞，这是二代测序无法比拟的优点。医疗上检测病人样品，司法上检测凶手DNA等，都不需要二代那样庞大的通量，而要求快速、灵活和超长读长，这也是二代难以抗衡的。

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