如何研究不同物种在进化过程的远近关系，可以借助什么工具吗？？

比如一种水生生物和一种陆生生物，如优艾设计网_设计何判断进化关系，除了化石研究之外呢？

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杨少泽 2021-06-02 10:36

这个可以借助分子进化树或种系发生树来进行研究，进化树给出分支层次或拓扑图形，它是产生新的基因复制或享有共同祖先的生物体的歧异点的一种优艾设计网_设计客反映，我们可以根据树枝的长度来分析不同物种的蛋白质之间的进化距离，而且可以粗略估计现存的各类种属生物的分歧时间。

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李晓溪 2021-06-02 10:48

如同楼上所说，对于容易获得DNA的生物来说，最好的办法就是直接通过测序，然后通过软件构建系统进化树进行分析。
系统发生树（英语：phylogenetic tree）又称演化树（evolutionary tree），是表明被认为具有共同祖先的各物种间演化关系的树状图。是一种亲缘优艾设计网_Photoshop交流分支分类方法（cladogram）。在图中，每个节点代表其各分支的最近共同祖先，而节点间的线段长度对应演化距离（如估计的演化时间）。

2014-12-31 1 0分享 新浪微博 qq空间 微信

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研究物种的进化过程和相关性，普遍借助化石等一些证据进行分析，结合各种各样的理论。其实，化石在我们了解已灭绝物种的长相，在了解它们生活于何时、何地的背景资料方面有重要作用，可信度最高。
另外，也可以应用UCE技术分析脊椎动物的基因相关性，这一技术是通过分析不同物种体中高度保守的部分基因组，得出相关性结果。

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ty_翻滚吧299 2021-06-02 10:59

构建进化树的主要步骤是比对，建立取代模型，建立进化树以及进化树评估。鉴于以上对于构建系统树的评价，结合本实验室实际情况，以下主要介绍N-J Tree构建的相关软件和操作步骤。
2.1 用Clustal X构建N-J系统树的过程
(1) 打开Clustal X程序，载入源文件.
File-Load sequences- C: empjc.txt.
(2) 序列比对 优艾设计网_设计圈
Alignment - Output format options - √ Clustal format； CLUSTALW sequence numbers: ON
Alignment - Do complete alignment
(Output Guide Tree file, C: empjc.dnd；Output Alignment file, C: empjc.aln；)
Align → waiting……
等待时间与序列长度、数量以及计算机配置有关。
(3) 掐头去尾
File-Save Sequence as…
Format: ⊙ CLUSTAL
GDE output case: Lower
CLUSTALW sequence numbers: ON
Save from residue: 39 to 1504 (以前后最短序列为准)
Save sequence as: C: empjc-a.aln
OK
将开始和末尾处长短不同的序列剪切整齐。这里，因为测序引物不尽相同，所以比对后序列参差不齐。一般来说，要“掐头去尾”，以避免因序列前后参差不齐而增加序列间的差异。剪切后的文件存为ALN格式。
(4) File-Load sequences-Replace existing sequences?-Yes- C: empjc-a.aln
重新载入剪切后的序列。
(5) Trees-Output Format Options
Output Files : √ CLUSTAL format tree √ Phylip format tree √ Phylip distance matrix
Bootstrap labels on: NODE
CLOSE
Trees-Exclude positions with gaps
Trees-Bootstrap N-J Tree ：
Random number generator seed(1-1000) : 111
Number of bootstrap trails(1-1000): 1000
SAVE CLUSTAL TREE AS: C: empjc-a.njb
SAVE PHYLIP TREE AS: C: empjc-a.njbphb
OK → waiting……
等待时间与序列长度、数量以及计算机配置有关。在此过程中，生成进化树文件.njbphb，可以用TreeView打开查看。
(6) Trees-Draw N-J Trees
SAVE CLUSTAL TREE AS: C: empjc-a.nj
SAVE PHYLIP TREE AS: C: empjc-a.njph
SAVE DISTANCE MATRIX AS: C: empjc-a.njphdst
OK
此过程中生成的报告文件.nj比较有用，里面列出了比对序列两两之间的相似度，以及转换和颠换分别各占多少。
(7) TreeView
File-Open-C: empjc-a.njbphb
Tree- phylogram(unrooted, slanted cladogram，Rectangular cladogram多种树型)
Tree- Show internal edge labels (Bootstrap value)(显示数值)
Tree- Define outgroup… → ingroup >> outgroup → OK(定义外群)
Tree- Root with outgroup
通常需要对进化树进行编辑，这时首先要Edit-Copy至PowerPoint上，然后Copy至Word上，再进行图片编辑。如果直接Copy至Word则显示乱码，而进化树不能正确显示。

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