化学合成的RNA与体外转录的RNA有什么不同?？

相同的一段RNA序列，我用PROMEGA转录试剂盒做的RNA与IDT公司买的RNA作为实验底物，酶切结果有很大不同。体外转录的RNA可以被切割为LADDER,优艾设计网_PS百科有很多条带。为了做一张更好看的图，于是从IDT公司买了RNA，但是用买来的RNA 就只能切出一个条带的产物。这是因为化学合成的RNA与体外转录的RNA有什么不同么？

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_wech****27051 优艾设计网_PS交流 2021-06-01 18:42

同一序列无论是化学合成还是体外转录理论上来讲，都是一样的。但是化学合成，人为控制，准确度高， 与提供的序列一致。但是体外转录是一个复杂的事件，涉及到RNA聚合酶的作用、逆转录体系、逆转录条件、模板单链DNA的二级结构等因素，使得扩增出来的产物可能长短不一，经酶切后出现LADDER。

同理，在做DNA扩增时，通常采用大肠杆菌中的克隆系统来扩增测序正确的片段而非直接利用PCR产物。
总之，化学合成RNA准确，但成本高，不适合需要大量RNA模板的实验；体外转录方便快捷，成本相对较低，适用一般的实验需要，若要构建克隆文库，则需要准确的RNA序列。

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_WeCh****397228 2021-06-01 18:43

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如同楼上所说，生物体内的RNA转录是个复杂的过程，该过程一些环境的变化会影响各种酶的表达，从而转录出不同的RNA长度。
而公司化学合成时，严格控制条件，同时又经过高度纯化，从而使获得的RNA大小相似。

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陈潇 2021-优艾设计网_PS论坛06-01 18:59

关于该问题，个人觉得可以这样来解释。化学合成的，最大的特点就是就是序列的专一性，你需要什么它合成的就是那段序列。但是体外转录的就是不一样，楼主提取的RNA根据琼脂糖电泳的结果来看，它本身就是弥散的，因为我们知道转录是一个时空产物，可能在这样一个条件下就会有很多的产物，所以楼主在做酶切的时候切出很多条带是很正常的。

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