发现序列差异的手段有什么，大家来说说？？
快乐在哪
2021-05-31 04:59
楼上说的RNA测序是一种很有潜力优艾设计网_设计圈的手段。
此外，DNA比对也是一种手段。
通过DNA比对，可以发现具体是哪个碱基的突变。非常直观。
M25****6863 2021-05-31 05:14
SSH差减杂交，是基于抑制PCR和差减杂交技优艾设计网_PS论坛术建立的，SSH方法在研究植物基因的差异表达方面已得到有效应用。 SSH方法一般只用于两个样品的差异比较分析,样品间的差异不宜太大或太小,而对于多个样品则无能为力,这在很大程度上限制了它的应用。不过现在高通量测序比较方便快捷。
北盐原村夏侯霸 2021-05-31 05:20
在发现序列差异(如融合基因鉴定、编码序列多态性研究)方面,RNA-Seq也展示了其很大的潜力。Zhang等在对水稻转录组进行测序时发现了234件转录融合事件,可能是由反式剪接所产生。其中,173件发生在染色体之间,即两个RNA前体来自不同的染色体;其余61件发生在染色体内部。Shah等对雌激素受体-α-正转移性乳腺小叶肿瘤的基因组进行了重测序,在DNA水平上发现了32个非同义突变,结合基因组和转录组数据,他们找到了2个未报道过的RNA编辑事件(引导重新编码SRP9和COG3的氨基酸序列)。上述单核苷酸的突变成为了原发性早期、中期乳腺癌的特征之一,亦是癌症病变过程的重要因素。Sugarbaker等优艾设计网_设计圈利用mRNA深度测序对恶性胸膜瘤和对照样品进行比较,发现了肿瘤中存在的15个不同的点突变。由于大多数与疾病相关的单核苷酸变异都发生在蛋白编码区,Chepelev等利用RNA-Seq对人Jurkat T细胞和CD4+ T细胞外显子进行测序,分别检测到12176和10621个SNVs(单核苷酸变异体),其中4703和2952个是全新的。
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此外，DNA比对也是一种手段。
通过DNA比对，可以发现具体是哪个碱基的突变。非常直观。
M25****6863 2021-05-31 05:14
SSH差减杂交，是基于抑制PCR和差减杂交技优艾设计网_PS论坛术建立的，SSH方法在研究植物基因的差异表达方面已得到有效应用。 SSH方法一般只用于两个样品的差异比较分析,样品间的差异不宜太大或太小,而对于多个样品则无能为力,这在很大程度上限制了它的应用。不过现在高通量测序比较方便快捷。
北盐原村夏侯霸 2021-05-31 05:20
在发现序列差异(如融合基因鉴定、编码序列多态性研究)方面,RNA-Seq也展示了其很大的潜力。Zhang等在对水稻转录组进行测序时发现了234件转录融合事件,可能是由反式剪接所产生。其中,173件发生在染色体之间,即两个RNA前体来自不同的染色体;其余61件发生在染色体内部。Shah等对雌激素受体-α-正转移性乳腺小叶肿瘤的基因组进行了重测序,在DNA水平上发现了32个非同义突变,结合基因组和转录组数据,他们找到了2个未报道过的RNA编辑事件(引导重新编码SRP9和COG3的氨基酸序列)。上述单核苷酸的突变成为了原发性早期、中期乳腺癌的特征之一,亦是癌症病变过程的重要因素。Sugarbaker等优艾设计网_设计圈利用mRNA深度测序对恶性胸膜瘤和对照样品进行比较,发现了肿瘤中存在的15个不同的点突变。由于大多数与疾病相关的单核苷酸变异都发生在蛋白编码区,Chepelev等利用RNA-Seq对人Jurkat T细胞和CD4+ T细胞外显子进行测序,分别检测到12176和10621个SNVs(单核苷酸变异体),其中4703和2952个是全新的。
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