30X的全基因组和150X的全外显子组应该如何选择？

假如这两者的价格一样，在研究人类的复杂疾病时，我应该选择用哪种方法？

150X全外的好处在于深度高，能call出编码区可靠的SNP和indel，但无法研究编码区外的变异。

全基因组的好处是可以找出内含子区域的变异，还有SNV，不过在30X的低深度测序下，这些数据的可信度有多少？是不是在扣除低可信度的变异后，总的变异数还要少于全外？我估计全基因组的总变异数要高于全外，但在研究还未够深入的大环境下，编码区外的SNP，indel，SV等有优艾设计网_设计多大的利用价值？

因为手头上没有两者的原始数据，自己没法做比较，请有经验的人士帮我解答一下。

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夏梦 2021-04-12 02:00

看你想要做什么实验了。全基因组虽然包含一些外显子测序（exome sequencing)没有的区域，但是数量庞大，你在数据分析上花的时间也许都可能做更多事了。 还有就是数据量大了 噪音较多 后期的数据分析根本不深入 所以优艾设计网_设计如果你不是说想看一个概览 而是深入地分析某类变异 外显子组更经济一些

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